Со строительством Медресе Абулазизхана связана одна легенда. Однажды когда правителю Бухары Абдулазизхану предстояла очередная, шестая поезда в Мекку и Медину ему ночью приснился старец, который сказал ему: "После возвращения из поездки, ты воздвигнешь на родине такой архитектурный памятник, который не будет походить на другие памятники в твоей стране и пусть в нем найдут воплощение земная и не земная жизнь. Веками народ будет наслаждаться им и помнить тебя". Так, после очередной поездки в Хадж Абдулазизхана, была построена мечеть, достойно носящая столетиями его имя. После возвращения с Мекки правитель Бухары Абдулазизхан призвал всех видных мастеров и дал поручение построить новое учебное здание. В строительстве медресе участвовал главный придворный зодчий Мухамед Салих. Особенностью украшения на стенах должно быть такое преломление света, что в одной из стен должен был отображаться облик правителя. Но в те времена, по священному Корану, были запрещены изображения людей на стенах. Несмотря на это мастера усердно работали над строительством. Однажды Абдулазизхан решил посетить строительство. Работы мастеров превзошли ожидание правителя. Осмотрев работы мастеров, он направился в правое крыло здания. Рассмотрев изображения на южных стенах он увидел изображение змей и скорпионов. Они были олицетворением трудности и бед. А изображения в северной части здания изображали ворота рая, открывающиеся для людей с терпением переносящие беды и невзгоды страшного мира. Два изображения медведя на западной стене ханаки обозначали, что чин и богатство предоставляются людям для испытания, в то время как в восточной части стен раписаны аяты из Корана с упоминанием Аллаха.
Увидев работы строителей Абдулазизхан возмутился, его приказ не был исполнен, не был изображен образ правителя и он решил наказать мастера. Но мастер не растерялся и попросил внимательно изучить мехраб здания. По середине был изображен букет цветов, где размещен небольшой портрет правителя. Абдулазизхан был настолько поражен мастерством художников, что принял решение отказаться от престола и предаться молениям. А строительство медресе осталось незаконченным.
Построенное на несколько веков позже чем медресе Улугбека (1417 г.) медресе Абдулазизхана (1652 г.) составляет единый архитектурный исторический облик Бухары. Именно с началом строительства медресе Абдулазизхна началось бурное развитие восточной среднеазиатской архитектуры, донесшее до нас столь профессионализм мастеров того времени.
Медресе Абдулазизхана является частью «Исторического центра города Бухара» и в 1993 году оно включено в список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.